standalone software

Java GUI version CRISPR-Local-java.zip
Linux command line version CRISPR-Local-linux.zip
Linux command program running environment miniconda2_crispr_environment.tar.gz
Get the lasted CRISPR-Local source code on Github

database (built by RD-build.pl) of some genome for Cas9 (NGG) and Cpf1 (TTTV and TTV)

Id Genome source download (Cas9) download (Cpf1 TTTV) download (Cpf1 TTV)
1 Aegilops tauschii (ASM34733v1) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
2 Amaranthus hypochondriacus (v.PGA2_1_2212017) CoGe Cas9 Cpf1 Cpf1
3 Amborella trichopoda (v1.0) JGI Cas9 Cpf1 Cpf1
4 Ananas comosus (v6) CoGe Cas9 Cpf1 Cpf1
5 Arabidopsis lyrata (v.1.0) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
6 Arabidopsis thaliana (TAIR10) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
7 Arachis duranensis (aradu.V14167.gnm1) CoGe Cas9 Cpf1 Cpf1
8 Arachis ipaensis (v2) CoGe Cas9 Cpf1 Cpf1
9 Azolla filiculoides (v1.1) CoGe Cas9 Cpf1 Cpf1
10 Beta vulgaris (RefBeet-1.2.2) Ensembl Plant Cas9 Cpf1 Cpf1
11 Brachypodium distachyon (v1.0) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
12 Brachypodium stacei (v2) CoGe Cas9 Cpf1 Cpf1
13 Brassica napus (AST_PRJEB5043_v1) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
14 Brassica oleracea (v2.1) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
15 Brassica rapa (IVFCAASv1) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
16 Calotropis gigantea (v1) CoGe Cas9 Cpf1 Cpf1
17 Cardamine hirsuta (v1) CoGe Cas9 Cpf1 Cpf1
18 Catharanthus roseus (v1) CoGe Cas9 Cpf1 Cpf1
19 Chenopodium quinoa (v1.0) JGI Cas9 Cpf1 Cpf1
20 Chlamydomonas reinhardtii (v3.1) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
21 Cicer arietinum (v1.0) JGI Cas9 Cpf1 Cpf1
22 Citrus sinensis (v2.0) CsiDB Cas9 Cpf1 Cpf1
23 Cucumis melo (v3.5) MELONOMICS Cas9 Cpf1 Cpf1
24 Cucumis sativus phytozome v9.0 Cas9 Cpf1 Cpf1
25 Cyanidioschyzon merolae (ASM9120v1) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
26 Daucus carota (v2) JGI Cas9 Cpf1 Cpf1
27 Eucalyptus grandis (v2.0) JGI Cas9 Cpf1 Cpf1
28 Fragaria vesca (v1.1) JGI Cas9 Cpf1 Cpf1
29 Glycine max (V1.0) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
30 Gossypium hirsutum (v1.1) Cottongen Cas9 Cpf1 Cpf1
31 Helianthus annuus (r1.2) JGI Cas9 Cpf1 Cpf1
32 Hordeum vulgare (Hv_IBSC_PGSB_v2) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
33 Humulus lupulus (v1.1) CoGe Cas9 Cpf1 Cpf1
34 Kalanchoe fedtschenkoi (v1.1) JGI Cas9 Cpf1 Cpf1
35 Lactuca sativa (v8) CoGe Cas9 Cpf1 Cpf1
36 Lentinula edodes (W1-26) Cas9 Cpf1 Cpf1
37 Lotus japonicus (v3.0) Miyakogusa v3.0 Cas9 Cpf1 Cpf1
38 Malus domestica (v1.0) JGI Cas9 Cpf1 Cpf1
39 Manihot esculenta (v6) Ensembl Plant Cas9 Cpf1 Cpf1
40 Marchantia polymorpha (v3.1) JGI Cas9 Cpf1 Cpf1
41 Medicago truncatula (MedtrA17_4.0) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
42 Musa acuminata (MA1) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
43 Nicotiana benthamiana (v0.4.4) Sol Genomics Network (SGN) Cas9 Cpf1 Cpf1
44 Oryza brachyantha (v1.4b) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
45 Oryza glaberrima (AGI1.1) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
46 Oryza sativa (MSU-7.0) Rice Genome Annotation Project Cas9 Cpf1 Cpf1
47 Oryza sativa Indica (ASM465v1) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
48 Oryza sativa Japonica (IRGSP-1.0) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
49 Oryza sativa subsp. indica Minghui 63 RIGW Cas9 Cpf1 Cpf1
50 Oryza sativa subsp. indica Zhenshan 97 RIGW Cas9 Cpf1 Cpf1
51 Panicum miliaceum (V1) CoGe Cas9 Cpf1 Cpf1
52 Panicum virgatum (v4.1) JGI Cas9 Cpf1 Cpf1
53 Phaseolus vulgaris (V1) CoGe Cas9 Cpf1 Cpf1
54 Physcomitrella patens (ASM242v1) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
55 Populus trichocarpa (JGI2.0) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
56 Prunus mume (v1) CoGe Cas9 Cpf1 Cpf1
57 Salvinia cucullata (v1.2) CoGe Cas9 Cpf1 Cpf1
58 Selaginella moellendorffii (v1.0) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
59 Setaria italica (v2.2) JGI Cas9 Cpf1 Cpf1
60 Setaria viridis (v2.1) JGI Cas9 Cpf1 Cpf1
61 Solanum lycopersicum (SL3.0) SGN Cas9 Cpf1 Cpf1
62 Solanum tuberosum (SolTub_3.0) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
63 Sorghum bicolor (v2) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
64 Theobroma cacao (v1.1) JGI Cas9 Cpf1 Cpf1
65 Triticum aestivum (TGACv1) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
66 Triticum urartu (ASM34745v1) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
67 Vigna angularis (vigan.Gyeongwon.gnm3) CoGe Cas9 Cpf1 Cpf1
68 Vigna unguiculata (v1.1) JGI Cas9 Cpf1 Cpf1
69 Vitis vinifera (IGGP_12x) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
70 Zea mays (AGPv3) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1
71 Zea mays (AGPv4) Ensembl Plants Cas9 Cpf1 Cpf1